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关于新冠病毒来源的调查论文

时间:2021-08-13  来源:weibo  作者:赵盛烨 条评论

最近有人在宣传我是“质疑Baric第一人”,这件事情我是不认同的,虽然我写了一些文章,还有一篇中文论文和一篇英文论文详细论述了病毒起源于美国的事实,但是最早透露出Baric的信息确实是在@平民王小石 微博那里看到的,当初小石头那条信息也是我深挖美国GOF研究的开端。

从某种意义上来讲,我不太喜欢谁第一个发现什么这样的宣传,比如你去和日本人探讨谁是被美国原子弹炸死的第一人,这个话题有什么意义吗?没意义!所以我们要进一步的团结、共同努力,把美国做过的那些丑陋的事情公之于众,让反人类的科学家和反人类的组织得到应有的惩罚!

中文溯源报告:°关于新型病毒来源的调查综述

英文溯源报告:O网页链接
学术引用DOI:10.6084/m9.figshare.14865159Fit免费翻墙网
来自https://weibo.com/7507866869/Kryxcm3T1Fit免费翻墙网
原题:关于新型病毒来源的调查综述Fit免费翻墙网

(初稿)Fit免费翻墙网

作者:赵盛烨Fit免费翻墙网

2021年1月22日Fit免费翻墙网

目 录Fit免费翻墙网

摘要1Fit免费翻墙网

第1章 绪论1Fit免费翻墙网

第2章 病毒的自然进化2Fit免费翻墙网

2.1 自然变异2Fit免费翻墙网

2.2 自然嵌合3Fit免费翻墙网

2.3 逻辑计算4Fit免费翻墙网

第3章 人工嵌合病毒研究5Fit免费翻墙网

3.1 研究团队介绍5Fit免费翻墙网

3.2 研究成果介绍5Fit免费翻墙网

3.3 本章小结16Fit免费翻墙网

第4章 关系分析17Fit免费翻墙网

第5章 安全风险19Fit免费翻墙网

5.1 违背政府要求进行研究19Fit免费翻墙网

5.2 不遵守生物实验规范20Fit免费翻墙网

5.3 向不可控的第三方分享科学成果20Fit免费翻墙网

5.4 安全风险连带事件21Fit免费翻墙网

5.5 本章小结23Fit免费翻墙网

第6章 结论与思考23Fit免费翻墙网

附录24Fit免费翻墙网

参考文献24Fit免费翻墙网

致谢25Fit免费翻墙网

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摘要

 

2019年开始,新型冠状病毒的爆发对全人类的生命安全带来了极为严重的威胁,随之而来的是各国政府和民众对病毒来源的猜测。但病毒的追踪溯源是一个严肃的科学问题,不能只依靠推测和推断就能锁定起源,也不能一开始就以“阴谋论”的思维限定于人工制造,更不能不经过调查就将病毒的来源臆测为自然产生,以上无论哪一种思维都是不尊重科学的不严谨行为。Fit免费翻墙网

因此作者站在公正的第三方角度上检索科研资料及能够采信的新闻信息,同时抛开与政治和舆论相关的内容。作者不会首先预设结论,然后再基于各方面的科学研究方法进行理智客观的分析,从而使本文的结论确凿可信。Fit免费翻墙网

文章首先以世界最新的病毒学理论研究为基础,在分子生物学的相关知识指导下建立了冠状病毒RNA自然变异和进化的理论模型,并依照该理论模型计算SARS-Cov病毒进化为SARS-Cov-2(即COVID-19)病毒的概率,分别通过RNA分子单碱基突变和自然嵌合突变的计算,得出了病毒来自人工嵌合的概率结果。Fit免费翻墙网

在病毒来自人工嵌合的概率结果基础上,作者通过对病毒学期刊、论文的检索,综述了人类科学家目前最顶级的研究成果,并通过对这些成果的分析,进一步建立了科研社会关系模型。Fit免费翻墙网

在科研社会关系模型的基础上,作者依照显而易见的逻辑分析和现实事件对比,揭示了不遵守科学研究职业道德和相关规章制度所带来的严重后果,从而警示人类科学家应进一步恪守底线,通过严谨踏实的科学求证过程造福人类社会。Fit免费翻墙网

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【关键词】COVID-19, SARS-Cov-2, 新型冠状病毒, 病毒溯源, 疫情分析, 病毒学基础Fit免费翻墙网

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第1章 绪论

 

“人类生存在地球上,地球孕育并繁衍了人类,从大约50亿年前,这颗星球逐渐形成,便开始了孕育生命的准备过程,今天的人类离不开地球,今天的地球也离不开人类。然而这一些都是人类的主观观点,事实上如果地球上没有人类,也许一切会更美好。”曾经有一位外国朋友如是对作者说。Fit免费翻墙网

作者完全不赞同这位朋友的观点,因为也许没有人类的地球不会更糟糕,但是没有人类的地球一定不会更美好,因为如果我们都不在了,谁还能来判定美好呢?人类与地球是相互依存的关系,地球的灾难就是人类的灾难,人类的灾难也是地球的灾难。地球上各个国家的人类只有互相求同存异,相互合作、相互交流、相互促进发展,这个地球才会更加美好。Fit免费翻墙网

没有人可以阻止人类命运共同体的发展,即便是神,那也不行。Fit免费翻墙网

公元2019年袭来的新冠病毒给人类带来了百年中的第一次瘟疫大流行,人类社会的经济、政治、文化都遭遇到了前所未有的严峻挑战。那么,新冠病毒是什么?这种病毒有什么特性?这种病毒到底来自于哪里呢?作者不预设结论的撰写本文,力图通过科学的方法和科学的过程解读新冠病毒,并解决病毒的溯源问题。Fit免费翻墙网

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图1.1 COVID-19溯源流程及科学方法Fit免费翻墙网

 

第2章 病毒的自然进化

 

地球上的生命是多种多样的,既有土壤中极为微小的微生物,也有常见的动物和植物,而人类只是众多种类地球生命中的一种。尽管从历史上看,生物学家对于生命的分类有很多种划分方法,但从现代分子生物学角度来看,生命只有DNA生命和RNA生命两种,人类是前者,新型冠状病毒是后者。Fit免费翻墙网

DNA是脱氧核糖核酸,由ATGC四种碱基组成,RNA是核糖核酸,由AUGC四种碱基组成。无论是DNA还是RNA,都是生命的遗传物质,DNA生命中既包含DNA也包含RNA,RNA生命中只有RNA,与RNA生命相比,DNA生命因为包含的碱基数量较多,双链DNA(dsDNA)的遗传结构较为稳定,因此会显得相对复杂和高级。单链RNA(ssRNA)遗传结构不稳定,容易发生多种多样的变异。除了前文所述的内容,生命中也有单链DNA(ssDNA)和双链RNA(dsRNA),二者均不在本文的研究范畴内。Fit免费翻墙网

RNA当中四种碱基冗长的排列顺序决定了该遗传物质产生的蛋白质属性,其合成的蛋白质是多样的,这就包括有特定功能的蛋白质酶(Enzyme)。这种酶是大分子,它一般是由多肽键(氨基酸脱水缩合)构成的肽链(Peptide Chain),肽链通过其催化基团、结合基团及其在三维空间中的结构特点而具备各不相同的催化和表达特征。Fit免费翻墙网

正是基于前文论述的分子生物学原理,冠状病毒以其RNA为遗传载体,在传播、复制过程中分别产生了刺突糖蛋白(Spike Protein)、包膜糖蛋白(Envelope Protein)、膜糖蛋白(Membrane Protein)等。更具体的来看,被世界卫生组织(WHO)定义编号为“COVID-19”的新型冠状病毒,其传播特征是首先进入人体细胞,然后通过膜融合的“脱壳”过程将自身的RNA介入到人体细胞中,劫持人类细胞的遗传物质翻译过程,并利用人体内的物质合成大量RNA(-)和与病毒RNA完全相同的RNA(+),新合成的RNA(-)将依靠其全链当中的片段生成多种mRNA(+),mRNA(+)再生成新的蛋白,于是新蛋白与新生成的RNA(+)便可以共同组装出新的病毒,然后释放到被感染细胞周边空间的其他人类细胞当中,从而完成了病毒基因的复制和病毒增殖。Fit免费翻墙网

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2.1 自然变异

本文所描述的病毒基因复制过程是绝大多数情况下所发生的过程,但我们一般认为其每一次RNA装配过程都因为细胞所处的物理学环境和化学环境因素影响,而产生差错的可能,例如一个基因测序片段为UCUGGG的RNA(+),其对应的RNA(-)为AGACCC,而在不稳定的复制过程中很可能变成了UCACCC,这样再生成RNA(+)时就会变为AGUGGG。这样的复制结果即为病毒发生了变异。尽管对单体病毒而言,变异发生的可能性是相对小概率的,但是在病毒具有一定基数的背景下产生变异的现象却是必然。(备注:UCUGGG序列来自于《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》论文对新冠病毒的RNA片段测序,其原文为TCTGGG,系因为当前地球人类科学家的测序仪不能对RNA中的U碱基进行识别,为了避免引起歧义并对RNA进行更科学的描述,本文将T替换回U进行了表述。)Fit免费翻墙网

当病毒RNA在复制过程中产生变异,其单个碱基可能变异为其它的碱基或者是被一组碱基替换,例如AGA可能变异为AAA、ACA、AUA或者AxA,其中x={ AGA ,AA,…}​,即x代表某一串碱基。因此设m为RNA的碱基测序长度,我们得出单个碱基变异为某一固定样式的概率为:Fit免费翻墙网

Pc(m)=1/(4^m)Fit免费翻墙网

以其中一个COVID-19病毒样本的RNA测序结果为例,其基因组序列是具有29903bp的单链RNA,得出在自然变异状态下取得单一碱基固定变异结果的概率为1/(2.5114277*10^18003),而2.5114277*10^18003是一个大到无法用文字读法描述的数值,因此这代表在如此众多的变异版本当中找到这个固定方向的自然变异病毒是一件几乎不可能的事情。Fit免费翻墙网

值得人类庆幸的是,病毒在复制过程中所产生的变异绝大多数都是无效或者无意义的,因为在多数情况下单个碱基的变化并不能改变其蛋白质的合成,因此具有变异碱基RNA的病毒个体遵循自然选择原理,其结局包括:(1)自然消亡;(2)携带变异点位继续保持相似的特性进行传播;(3)携带变异点位并产生新的特性进行传播并逐步消亡;(4)携带变异点位并产生新的特性进行传播并大范围扩散等。它们分别对应着残疾病毒、弱变异病毒、退化病毒、进化病毒,其中只有最为罕见的第4种情况会对人类带来更大的威胁。此外,人类科学家也经常利用病毒变异的原理建立病毒RNA族谱,根据不同的碱基变异点位确定病毒传播的路径和先后顺序。Fit免费翻墙网

2.2 自然嵌合

在自然界当中,生物之间的嵌合也是一种偶发的现象,这是对一种生物细胞携带了另一种生物细胞特性的总称,例如让马的子代含有驴子的特征,这一杂交过程就是生物嵌合的一种。而本文所引用的嵌合特指病毒RNA之间的遗传基因嵌合。Fit免费翻墙网

SARS-Cov病毒与HIV-1病毒同属于RNA病毒,当两种病毒同时感染了空间中相同的一个人类细胞以后,由于前文所述的病毒复制增殖过程,可能会在RNA复制期间产生装配错误,该装配错误属于自然变异的一种,即本文2.1章节中举例所指AGA变为AxA的过程中的一种特例。Fit免费翻墙网

2020年初,印度学者Prashant Pradhan(Kusuma School of biological sciences, Indian institute of technology)等人撰写了《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》一文,表达的思路是,在COVID-19病毒的刺突糖蛋白(S)中发现了4个嵌入点位,这是该病毒所独有的,其他冠状病毒中没有这些嵌入片段。重要的是,所有4个嵌入点位中的氨基酸残基均与HIV1gp120或HIV-1Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。该文作者隐含的表述了有人使用了基因编辑技术将SARS-CoV的RNA进行了编辑,在其中插入了四段HIV病毒的片段,制造了SARS-CoV-2病毒。这四个片段的共同作用使SARS-CoV-2病毒比SARS-CoV的传播能力更强了。Fit免费翻墙网

随后,旅美华人(侨)Chuan Xiao(Department of Chemistry and Biochemistry, The University of Texas at El Paso, El Paso, TX, USA)等人撰写了《HIV-1 did not contribute to the 2019-nCoV genome》一文,认为这四个RNA片段不只是在HIV-1病毒中特有的,而且研究人员在2013年也发现了这几个片段存在于蝙蝠感染的冠状病毒当中,这证明印度学者所猜测的结果并不准确,于是Prashant Pradhan对论文进行了撤稿处理。Fit免费翻墙网

本文无意在双方的争执当中占有立场,但双方论文的研究过程及其中间数据均可以佐证一个事实,即与SARS-CoV相比,COVID-19(也称SARS-CoV-2)病毒新增了四个外源嵌入的RNA片段,尽管目前依然不能确定该四个片段是否直接来自于HIV-1型RNA病毒或者其它细菌,但是我们可以计算其自然产生的概率。Fit免费翻墙网

设嵌入4个RNA片段的事件为Q,被引入RNA来自于OTH生物体,蝙蝠或人类或骆驼等生物患有SARS-CoV的概率为P(SARS-CoV),两种病毒出现在相同细胞的概率为P(Cell),则有:Fit免费翻墙网

P(Q)= P(OTH)*P(SARS-CoV)* P(Cell)*Pc(m)^4Fit免费翻墙网

为了使公式说明的更直观,本文用思维实验的方式带入数据验证。Fit免费翻墙网

思维实验:设OTH生物体为蝙蝠自带,即设P(OTH)=1,用极限法扩大数据认为所有蝙蝠都携带这种基因,设P(SARS-CoV.bat)=1即用极限法扩大数据认为所有蝙蝠都携带有SARS-CoV病毒,同时还需要设两种基因存在于相同的蝙蝠细胞中,即P(Cell)=1,则有P(Q)= Pc(m)^4。基于本文2.1章节所述,病毒自然变异的概率Pc(m)的数值无限接近于0,则Pc(m)^4也是无限接近于0的结果。因此病毒在自然进化的角度上完成其具有该特征的自然嵌合进化也是一件几乎不可能的事情。Fit免费翻墙网

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2.3 逻辑计算

逻辑运算是数学计算的重要组成部分,本文引入逻辑运算对与病毒进化相关的问题进行分析。Fit免费翻墙网

设SARS-CoV进化为COVID-19的事件为Event,则有:Fit免费翻墙网

PB(Event)=PB(A)∧PB(B)∧PB(Manmade)Fit免费翻墙网

其中A为非嵌合类自然变异、B为自然嵌合、C为人工嵌合,相当于(PB(A)∧PB(B))与PB(Manmade)为互斥事件,P(Q)Pc(m),则有:Fit免费翻墙网

PB(Event)= Pc(m) + PB(Manmade)Fit免费翻墙网

基于世界卫生组织已经确认了SARS-CoV向COVID-19的进化,则PB(Event)=1,为了最大程度的减少争议,本文放大PB(A)的数值到0.1%,按照本文2.2章节所述思维实验则有P(Q)= 0.000000000001。Fit免费翻墙网

由此可得PB(Manmade)=0. 998999999999,这个数值说明了人工嵌合病毒的概率大于99.9%,本文站在公正的第三方角度上进行分析,不会首先预设结论,在此基础上基于各方面的科学研究方法进行理智客观的分析,从而使我们的结论确凿可信。正是基于这样的思维,促使本文作者进一步在基因工程和病毒学研究领域进一步学习和研究,从而展开了其余篇章的论述。Fit免费翻墙网

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第3章 人工嵌合病毒研究

 

在COVID-19病毒爆发的初期,很多中国研究人员认为人类不可能对RNA病毒进行基因改造或者培育,事实上这背离了辩证唯物主义中对于事物是不断变化发展描述的科学思维,也是一种无知的表现。Fit免费翻墙网

事实上,随着人类科学家对生物遗传基因认识的不断加深,冠状病毒的复制、翻译机制也逐渐明晰,通过人类现有的技术手段对冠状病毒基因进行克隆、改造、嵌合已经是一项成熟的技术,只是由于这项技术只掌握在美国少数几位科学家团队手中,才很少被世人所知。在新冠病毒爆发以后,我们重点学习了堪称“冠状病毒之父”的Ralph S. Baric教授之相关研究成果,为了避免引发歧义,本文将通过直接引述附加科学评价的方式叙述其人工制造RNA病毒的研究进展及相关方法。Fit免费翻墙网

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3.1 研究团队介绍

依据国际惯例,本文在引述其研究成果之前,将介绍研究者的基本信息,以表尊敬。Ralph S. Baric教授,男,1954年出生于美国,微生物学专家,全球首席冠状病毒科学研究者,1977年本科毕业于北卡罗莱纳州州立大学,1983年硕博连读毕业于北卡罗莱纳州州立大学,1982至1986年在南加利福尼亚大学医学院微生物学和神经病学实验室从事博士后研究工作。1986年3月至1990年6月在北卡罗来纳大学教堂山寄生虫学和实验室任实践系助理教授,1990年7月至1993年6月在北卡罗来纳大学教堂山流行病学系任助理教授,1993年至2001年7月在北卡罗来纳大学教堂山分校流行病学系任副教授,1993年7月至2001年在北卡罗来纳大学教堂山微生物学和免疫学系任副教授,2002年7月至今在北卡罗来纳大学教堂山微生物学和免疫学系流行病学系任教授。Fit免费翻墙网

Baric教授的成就包括但不限于1987年获得美国杰出青年称号,1989-1994是美国心脏协会常设调查员,2004年成为《病毒学杂志》编辑委员会成员,2004年获得世界技术进步奖.病毒学B研究科常任成员,美国生物科学专家组(BSEG)成员,2009年入选美国太平洋西北区域英才中心内部咨询委员会成员,为美国国家科学院提供医学分级选择因子的基因序列方法研究,2010年成为美国科学院微生物学学院研究员。Fit免费翻墙网

Baric教授多年以来致力于冠状病毒的研究、克隆、基因改造工作研究,同时注重人员和团队的培养,为病毒研究领域培养了45位以上的高级研究人员,其中包括:德特里克堡美国陆军传染病医学研究所分子和转化科学处的Allison Totura(主攻SARS病毒方向)、美国陆军研究所逆转录病毒科的Sheila Peel高级研究员、美国联邦药物管理局的Damon Deming、美国退伍军人事务部的Matthew Friedman教授、美国食品和药物管理局(FDA)的Patrick Harrington、美国陆军传染病医学研究所的高级科学家Lisa Hensley、美国食品和药物管理局的Eric Donaldson博士等。Fit免费翻墙网

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3.2 研究成果介绍

Baric教授自1983年以来,以自身名义,或者作为指导教师,总计发表400余篇论文,我们节选了部分论文及其摘要,以便于公众了解其在微生物领域所作的非凡贡献。本文作者使用机器翻译的方法对各个论文的摘要部分进行了翻译,没有充足的时间进行系统的人工校验,也有许多文字识别错误,不足之处将在未来版本中进行改善。Fit免费翻墙网

(1)1983年6月,Michael M.C.Lai,Chris D.Patton,RALPH S.BARIC,Stephen A.StoHLMAN等人撰文《Presence of Leader Sequences in the mRNA of Mouse Hepatitis Virus》,透露:“为了确定小鼠肝炎病毒mRNA的结构和合成机制,研究了7种小鼠肝炎病毒株A59细胞内mRNA物种的大RNaseTI耐药寡核苷酸的地图位置。我们发现,除了一个寡核苷酸之外,所有的寡核苷酸都被映射在每个mRNA中的位置上,这与小鼠肝炎病毒mRNA的嵌套结构、阶梯状结构一致(Lai等人,J.Virol。 39:823-834)。 然而,一个寡核苷酸,10,被定位在每个mRNA和病毒基因组RNA的5‘端附近。 换句话说,寡核苷酸10,因此,mRNAs的5‘端周围的序列与基因组序列不是共线性的。 由于这种寡核苷酸在基因组RNA中只存在一次,这一结果表明,寡核苷酸10不是从基因组模板上的多个位点转录的,而是代表在mRNA转录过程中连接到不同mRNA的体序列的一个先导RNA序列。 这为小鼠肝炎病毒(即细胞质病毒)的mRNAs中存在领导者序列提供了迄今为止最直接的证据。”在此后的多年里,Baric教授致力于这种冠状病毒的分子生物学研究,包括RNA的转录、翻译、蛋白质合成等研究,并以第一人称发表了数十篇高质量论文。Fit免费翻墙网

(2)1986年3月,SHINJI MAKINO,JAMES G. KECK, STEPHEN A. STOHLMAN, AND MICHAEL M. C. LAI等人撰文《High-Frequency RNA Recombination of Murine Coronaviruses》,指出“冠状病毒的RNA基因组由单个非分节RNA组成。 在这篇通讯中,我们证明了不同菌株的小鼠冠状病毒的RNA基因组在混合感染过程中以非常高的频率重组。 易感细胞与一株小鼠肝炎病毒(MHV)的温度敏感突变体和一株不同菌株的野生型病毒共感染。 在21种随机分离的病毒中,在不允许的温度下从共感染的细胞中释放出来,其中2种是重组位点不同的重组体。 在混合感染产生的原始病毒库的三个连续传代后,大多数后代病毒是重组体。 这些重组病毒代表了两个亲本MHV株之间至少五个不同的重组位点。 这种在MHV非分段RNA基因组之间的高频重组表明,在MHV复制过程中可能会产生分段RNA中间体。我们提出MHV的RNA复制以不连续和非连续的方式进行,从而产生游离的分段RNA中间体,可通过复制选择机制用于RNA重组。”Baric不是这篇文章的作者,但是他在该文发表之前对原作者进行了批评指正。Fit免费翻墙网

(3)1989年12月,RALPH S. BARIC,KAISONG FU,MARY C. SCHAAD,AND STEPHEN A. STOHLMAN等人撰文《Establishing a Genetic Recombination Map for Murine Coronavirus Strain A59 Complementation Groups》,指出:“采用基因重组技术分离并表征了MHV-A59温度敏感突变体,代表一个RNA和五个RNA互补基团。 最大重组频率发生在感染倍数大于10的情况下,其中99.99%的细胞被共感染。 不同TS突变体之间的重组频率在感染期间稳步增加,并在病毒生长周期的后期达到峰值。这些数据表明重组是病毒复制周期中的一个晚期事件。重组频率也被发现从63到20000倍以上的自发回归频率之和的每个TS突变体在交叉使用。利用标准的遗传重组技术,将MHV-A59的五个RNA互补基团排列成一个加性的、线性的遗传图谱,位于23酶区基因组的5‘端。 这些数据表明,至少有五种不同的功能编码在MHV聚合酶区,在病毒转录中起作用。 此外,使用特征良好的TS突变体,整个32kb的MHV基因组的重组频率接近25%或更多。这是描述的非分段、线性、加极性RNA病毒的最高重组频率。” 这是Baric首次在文章中正式提及基因重组对病毒的影响,也正是这篇文章开始了他在冠状病毒RNA领域的更深入研究。Fit免费翻墙网

(4)2000年5月,BOYD YOUNT,KRISTOPHER M. CURTIS, RALPH S. BARIC等人撰写了《Strategy for Systematic Assembly of Large RNA and DNA Genomes: Transmissible Gastroenteritis Virus Model》,介绍其团队“开发了一种组装大型RNA和DNA病毒功能全长基因组的系统方法。 冠状病毒含有自然界中最大的单链正极性RNA基因组。长度为30kb的基因组,再加上基因组不稳定的区域,阻碍了全长感染性cDNA结构的发展。构建了猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的完整传染结构。采用一种新的方法,分离了六个相邻的cDNA亚克隆,它们跨越了整个TGEV基因组。 每个克隆都是用独特的侧翼相互连接的连接来设计的,这决定了一个精确的系统组装,只有相邻的cDNA亚克隆,从而形成了一个完整的TGEVcDNA结构,长度为28.5kb。 来自全长TGEV结构的转录本具有传染性,子代病毒在允许的宿主细胞中连续传代。病毒抗原的产生和亚基因组mRNA的合成在感染和整个传代过程中都是明显的。从感染性结构中提取的菌斑纯化病毒有效复制,并在允许的宿主细胞中表现出相似的菌斑形态。 在猪和猫起源的细胞中,分子克隆病毒和野生型病毒的宿主范围表型相似。 重组病毒通过独特的相互连接连接的连接进行测序,最终证明了标记突变和限制性位点被设计成组分克隆。 TGEV的全长感染性结构将允许冠状病毒基因组的精确遗传修饰。 我们设计的产生TGEV传染性cDNA结构的方法在理论上可以用于精确重建长度接近数百万碱基对的微生物或真核基因组。”这是Baric首次提出这种可以改造病毒基因的方法。Fit免费翻墙网

(5)2001年5月21日,Ralph S.Baric,Haw River,NC(美国);Boyd Yount,Hillsborough,NC(美国)等人为《DIRECTIONAL ASSEMBLY OF LARGE VIRAL GENOMES AND CHROMOSOMES》申请了美国国家专利(US006593111B2),专利涉及到“大型基因组的定向组装,更具体地说,涉及大型病毒基因组的定向组装”,系全长的、功能完整的基因组或染色体与基因组的部分cDNA或DNA亚克隆定向组装。这种方法促进了基因组和染色体在体外的重构,以重新导入到一个活的宿主,并允许选择的诱变剂ESIS和遗传操作的序列在体外重新组装成一个完整的基因组分子,以重新导入到相同或不同的宿主。这种方法还提供了一种替代重组介导的技术Niques来操纵高等植物和动物以及细菌和病毒的基因组。该专利不限于组装全长的功能性冠状病毒基因组。目前的发明者已经成功地组装了一种传染性胃肠炎病毒(TGE)的全长传染性克隆)。采用一种新的方法,分离了六个相邻的cDNA亚克隆,它们跨越了整个TGE基因组。 每个克隆都是用独特的侧翼相互连接的连接来设计的,这决定了一个精确的、系统的组装,只有正确的相邻的cDNA亚克隆,从而形成了一个完整的TGECDNA结构,长度约为28.5kb。从全长TGE结构中提取的转录本被发现具有传染性,后代病毒在允许的宿主细胞中连续传代。 病毒抗原和亚基因组m RNA的合成在感染和整个传代过程中都是明显的。 从感染结构中提取的菌斑纯化病毒被发现在允许的宿主细胞中有效地复制。 重组病毒被测序为独特的相互连接的连接,最终形成了独特的标记突变和限制性位点,这些位点被设计成组分克隆。 除其他优点外,TGE的全长传染性克隆每个MIT的冠状病毒基因组的精确遗传修饰。该专利于2003年7月获得授权。此后几年,Baric一直致力于多种冠状病毒RNA的基因重组、嵌合研究。Fit免费翻墙网

(6)2002年10月31日,Kristopher M. Curtis, Chapel Hill, NC (US); Boyd Yount, Hillsborough, NC (US); Ralph S. Baric, Haw River, NC (US)等人提交了专利《METHODS FOR PRODUCING RECOMBINANT CORONAVIRUS》(US007279327B2),该专利是“一种用于产生传染性、复制排粪性、冠状病毒(或更一般地说是nidovirus)颗粒细胞的辅助细胞包括:(A)nidovirus允许细胞;(B)由nidovirus包装信号和异源RNA序列组成的nidovirus复制子RNA,其中复制子RNA进一步缺乏编码至少一个nidovirus结构蛋白的序列;(C)至少一个单独的辅助RNA,编码从复制子RNA中缺失的至少一个结构蛋白,即缺乏nidovirus包装信号的辅助RNA。复制子RNA和辅助RNA在nidovirus允许细胞中的联合表达产生一个组装的nidovirus颗粒,该颗粒包括异源RNA序列,能够感染细胞,并且由于包装复制子中没有结构蛋白编码序列,在没有辅助RNA的情况下无法完成病毒复制。 本发明还公开了用于制造这种辅助细胞的组合物,以及从这种细胞产生的病毒颗粒、这种病毒PARTICLE的组合物以及制造和使用这种病毒颗粒的方法。”在专利的详细描述中作者指出“这里使用的“冠状病毒”是指冠状病毒科的一个属,而冠状病毒科又被归类为尼多维罗。 冠状病毒是大的,包膜的,正链RNA病毒。它们拥有所有RNA病毒的最大基因组,并通过一种独特的机制进行复制,从而导致重组国家的高频率。冠状病毒包括抗原组I、II和III。 本发明主要针对猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)进行描述,但本发明可与任何科罗导航病毒进行,如人呼吸冠状病毒、猪呼吸冠状病毒、犬冠状病毒、猫肠冠状病毒、猫传染性腹膜炎病毒、兔科罗导航病毒、小鼠肝炎病毒、唾液酸腺炎病毒、猪血凝性脑脊髓炎病毒、牛冠状病毒、禽传染性支气管炎病毒和火鸡冠状病毒”。至此,人类科学家已经基本解决了病毒的改造和基因重新装配问题,可以在需要的时候生产具有不同功能和传播能力的、具有新特征的冠状病毒。Fit免费翻墙网

(7)2002年12月,首例SARS病人在广东省被发现,在SARS爆发后的几个月,病毒又莫名其妙的消失了。多数中国科学家认为SARS病毒的爆发可能与广东人食用果子狸的习惯有关。Fit免费翻墙网

(8)2003年7月21日,BARIC,Ralph S.[美国/美国];2600Northstream Court,Haw River,North Car-olina27258-9529(美国)。 YOUNT,Boyd[美国/美国];1002Scotsburg Trail,Hillsborough,北卡罗莱纳州27278(美国)。 Curtis,Kristopher M.[美国/美国];102Water Land Court,Frederick,Maryland21702(美国)等人提交了一份国际专利,名称为《METHODS AND COMPOSITIONS FOR INFECTIOUS cDNA OF SARS CORONAVIRUS》(WO 2005/035712 A2),该专利“提供了一种严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒、重组SARS冠状病毒载体和SARS冠状病毒复制子颗粒的cDNA。 还提供了制造本发明组合物的方法和使用该组合物作为免疫原和/或疫苗和/或表达异源核酸的方法”。专利提及“一种SARS冠状病毒复制子RNA,其包含冠状病毒包装信号和异源RNA序列,其中所述复制子RNA缺少编码至少一种冠状病毒结构蛋白的序列;至少一种单独的辅助RNA,所述辅助RNA编码复制子RNA中不存在的至少一种冠状病毒结构蛋白,所述辅助RNA缺乏冠状病毒包装信号;其中所述复制子RNA和所述辅助RNA的组合表达产生感染性、增殖缺陷冠状病毒粒子。因此,本发明包括包含编码至少一种冠状病毒结构蛋白的辅助细胞RNA的辅助细胞的实施例和包含SARS冠状病毒复制子RNA的辅助细胞的实施例,所述辅助细胞包含冠状病毒包装信号和异源RNA序列,其中所述复制子RNA缺少编码至少一种冠状病毒结构蛋白的序列。本发明还提供了一种制备具有传染性、增殖缺陷的冠状病毒颗粒的方法,包括:a)提供本发明的辅助细胞;和b)在辅助细胞中产生冠状病毒颗粒。”Fit免费翻墙网

(9)2006年7月19日,Ralph S.Baric,Haw River,NC(美国);Rhonda Roberts,Durham,NC(美国);Boyd Yount,Hillsborough,NC(美国);Kristopher M.Curtis,德特里克堡(美国)等人申请了美国国家专利《COMPOSITIONS OF CORONAVIRUSES WITH A RECOMBINATION-RESISTANT GENOME》(US007618802B2),“提供了一种严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒、重组SARS冠状病毒载体和SARS冠状病毒复制子颗粒的cDNA。还提供了本发明的合成方法和使用该合成物作为免疫原和/或疫苗和/或表达HET异源核酸的方法。”也就是SARS灭活疫苗的制备方法,而此时SARS疫情已经消失了,SARS-Cov仅存在于人类科学家的实验室中。Fit免费翻墙网

(10)2006年8月,Anjeanette Roberts, Damon Deming , Christopher D. Paddock , Aaron Cheng , Boyd Yount, Leatrice Vogel, Brian D. Herman1 , Tim Sheahan , Mark Heise, Gillian L. Genrich , Sherif R. Zaki , Ralph Baric, Kanta Subbarao发表论文《A Mouse-Adapted SARS-Coronavirus Causes Disease and Mortality in BALB/c Mice》,论文指出“严重急性呼吸综合征(SARS)的单一动物模型无法再现人类疾病的各个方面。年轻的近交系小鼠支持SARS冠状病毒(SARS-CoV)在呼吸道的复制,并且有足够的数量用于统计评估。它们相对便宜并且容易获得,但是它们在SARS研究中的应用是有限的,因为它们不会在感染后发展成疾病。年龄较大(12-14个月大)的BALB/c小鼠会出现临床疾病和肺炎,但很难获得,免疫衰老使发病机制研究复杂化。我们通过在年轻BALB/c小鼠呼吸道中连续传代来适应SARS-CoV(Urbani株)。15代产生了一种病毒(MA15),经鼻接种后对小鼠是致命的。在致死之前,病毒在肺部迅速和高滴度复制,病毒血症,病毒传播到肺外部位,并伴有淋巴细胞减少、中性粒细胞增多和肺部病变。丰富的病毒抗原广泛分布于支气管上皮细胞和肺泡肺细胞,坏死的细胞碎片存在于气道和肺泡中,只有轻度和局灶性肺炎。这些观察结果表明,感染MA15的小鼠死于一种压倒性的病毒感染,病毒介导的肺细胞和纤毛上皮细胞广泛破坏。MA15病毒有6个编码突变,与适应性和毒力增加有关;当引入重组SARS冠状病毒时,这些突变导致高毒力和致命性病毒(rMA15),复制了生物衍生的MA15病毒的表型。鼻内接种MA15可复制严重人类SARS病例中所见疾病的许多方面。MA15病毒的可用性将增强SARS小鼠模型的使用,因为感染MA15会导致发病率、死亡率和肺部病理学。”这也是2020年社会广泛争议的“MA15”嵌合基因的最早来源。Fit免费翻墙网

(11)2006年12月,Eric F. Donaldson,Amy C. Sims, Rachel L. Graham, Mark R. Denison, Ralph S. Baric等人发表论文《Murine Hepatitis Virus Replicase Protein nsp10 Is a Critical Regulator of Viral RNA Synthesis》指出“冠状病毒复制需要对ORF1a/ab编码的大蛋白进行蛋白水解处理,使其成为可能的功能性中间产物,最终形成15种成熟蛋白。C端ORF1a蛋白nsp10与病毒复制复合物共定位,但其在转录/复制中的作用尚不明确。为了研究nsp10在冠状病毒转录/复制中的作用,我们将丙氨酸替代物导入小鼠肝炎病毒(MHV)感染性克隆中,以取代预测功能域或带电氨基酸对/三胞胎中的保守残基,并分析挽救的病毒的突变表型。在16个工程克隆中,5个活病毒被拯救,3个突变病毒不产生细胞病变,但能合成病毒亚基因组rna,8个不活病毒。所有存活的突变体都显示生长动力学和病毒RNA合成的降低,表明nsp10是正链或负链合成的辅助因子。活突变体nsp10-E2处理新生多蛋白的能力受损,因为在感染该病毒的细胞中检测到处理中间产物,而在野生型感染中检测不到。将突变定位到严重急性呼吸综合征病毒nsp10的晶体结构上,确定了一个抗突变的中心核心。以锌结合指中或附近的残基为靶点的突变产生了不可行的表型,表明这两个结构域对nsp10功能和MHV复制都是必需的。所有导致存活表型的突变都映射到中央核心外的环,其特征是RNA合成的整体减少。这些结果表明,nsp10是冠状病毒RNA合成的关键调节因子,可能在多蛋白加工中发挥重要作用。”Fit免费翻墙网

(12)2008年8月,Michelle M. Becker, Rachel L. Graham, Eric F. Donaldson, Barry Rockx, Amy C. Simsb, Timothy Sheahan, Raymond J. Pickles, Davide Cortif , Robert E. Johnston , Ralph S. Baric and Mark R. Denison等人发表论文《Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice》,论文指出“确定人畜共患病作为人类病原体进化和出现的潜在途径对于预测和控制自然和蓄意的流行病至关重要。然而,预测动物向人类运动的可行途径受到了在确定水库物种、培养人畜共患病生物以及分离全长基因组以进行克隆和遗传研究方面的挑战的阻碍。设计和恢复由合成的cDNA重组的病原体的能力有可能克服这些障碍,因为它允许在不鉴定宿主物种或培养主要分离物的情况下研究复制和发病机制。在这里,我们报告了最大的合成复制生命形式,一种29.7kb的蝙蝠严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒(batscov)的设计、合成和恢复,它可能是SARS-CoV流行的祖先。为了测试从不可传代的蝙蝠SCoV到人类SARS-CoV的可能出现途径,我们设计了一个一致的蝙蝠SCoV基因组,并用SARS-CoV-RBD(BatSRBD)替换蝙蝠SCoV刺突受体结合域(RBD)。蝙蝠SRBD在细胞培养和小鼠中具有传染性,并被蝙蝠和人CoV刺蛋白特异性抗体有效中和。合理设计、合成和回收假想的重组病毒可用于研究人畜共患病的跨物种运动机制,并有助于对已知或预测的新出现的微生物威胁作出快速的公共卫生反应。” 研究表明,cov的5'UTRs可以影响病毒在细胞中复制的能力(46)。虽然人工合成的蝙蝠SCoV中的5'UTR来源于SARS-CoV,但在细胞培养中不能扩增的蝙蝠SCoV和可以回收的蝙蝠SRBD之间的唯一区别是来源于SARS-CoV的RBD。我们的研究结果也证实并扩展了先前的一篇报道,该报道预测Bat SCoV RBM内的缺失和突变会破坏与hACE2和cACE2分子的相互作用(47)。因此,在本报告中,我们表明CoV棘突RBD是可互换的,足以在来自多个物种的细胞中赋予有效的生长和感染性,并且可能代表了人畜共患CoV跨物种运动的一个关键决定因素。也就是说,这篇论文提及的实验完成了一个RNA病毒改造工程,并证明了经过基因编辑后的病毒可以实现跨物种传播。此外,实验者还对1918年流行的感冒病毒进行了重建。Fit免费翻墙网

(13)2009年6月,Craig W. Day, Ralph Baric , Sui Xiong Cai, Matt Frieman, Yohichi Kumaki, John D. Morrey, Donald F. Smee, Dale L. Barnard等人发表论文《A new mouse-adapted strain of SARS-CoV as a lethal model for evaluating antiviral agents in vitro and in vivo》,指出“严重急性呼吸综合征(SARS)是由SARSCoV冠状病毒引起的一种高致死性新发疾病。需要新的SARS致死动物模型来促进抗病毒研究。我们对一种新的SARS-CoV株(v2163株)进行了改造和鉴定,该株对5-6周龄的BALB/c小鼠具有高度致死性。它有9个突变,影响10个氨基酸残基。v2163株增加小鼠IL-1α、IL-6、MIP-1α、MCP-1和RANTES,IL-6高表达与死亡率相关。感染在很大程度上模仿人类疾病,但肺部病理学缺乏透明膜形成。已知的SARS-CoV复制抑制剂在体外对v2163有抑制作用。在v2163感染小鼠中,扩增原完全保护,刺荨麻凝集素(UDA)是部分保护,利巴韦林是有争议的,可能加剧疾病,和EP128533是无效的。利巴韦林、UDA和Ampligen™ IL-6表达降低。v2163菌株为抗SARS研究提供了有价值的模型。”Fit免费翻墙网

(14)2012年4月2日,DE SILVA, Aravinda M.; DE ALWIS, A. Ruklanthi; WAHALA, Wahala M.P.B.; Chapel Hill, BARIC, Ralph S.; MESSER, William B.; CROWE, JR., James E.; SMITH, Scott A等人提交了专利《METHODS AND COMPOSITIONS FOR DENGUE VIRUS EPITOPES》,该专利“提供包含嵌合登革热病毒E糖蛋白的组合物和使用方法,所述嵌合登革热病毒E糖蛋白包含从不同于登革热的登革热病毒血清型引入登革热病毒E糖蛋白结构域I和结构域II铰链区的氨基酸替换登革热病毒E糖蛋白主干的病毒血清型。”Fit免费翻墙网

(15)2012年4月,Jeremy Huynh, Shimena Li, Boyd Yount, Alexander Smith, Leslie Sturges, John C. Olsen, Juliet Nagel, Joshua B. Johnson, Sudhakar Agnihothram, J. Edward Gates, Matthew B. Frieman, Ralph S. Baric , Eric F. Donaldson等人发表论文《Evidence Supporting a Zoonotic Origin of Human Coronavirus Strain NL63》,指出“自2005年在中国马蹄蝠中发现SARS样冠状病毒以来,蝙蝠与冠状病毒的关系受到了广泛关注。从那时起,全世界有几只蝙蝠被证明在粪便中脱落了冠状病毒序列,可能还有冠状病毒;然而,没有一只蝙蝠冠状病毒从自然界中分离出来。此外,很少有蝙蝠细胞系或试剂可用于研究蝙蝠细胞中的CoV复制或用于分离适应特定蝙蝠物种的bat-CoV。在这里,我们通过分子钟分析表明,来自北美三色蝙蝠的α冠状病毒(_x005f_x0001_-CoV)序列被预测与人类CoV(HCoV)-NL63具有共同祖先,这些病毒之间最近的共同祖先大约发生在563至822年前。此外,我们从这种蝙蝠的肺中培养出永生化蝙蝠细胞系,以确定这些细胞是否能够支持HCoVs的感染。当SARS-CoV、小鼠适应的SARS-CoV(MA15)和带有早期人类毒株尖峰基因的嵌合SARS-CoV复制效率低下时,HCoV-NL63在这种蝙蝠的永生化肺细胞中复制了多次传代。这些观察结果支持这样的假设,即人类冠状病毒能够建立人兽共患病的反向人兽共患病传播循环,使某些冠状病毒能够在蝙蝠和包括人类在内的其他哺乳动物的毒株之间容易地循环和交换遗传物质。”论文表明,Baric团队一直致力于研究冠状病毒跨物种传播的相关原理,在世界范围内广泛收集可能导致新型冠状病毒向人类传播的方式方法及相关证据。Fit免费翻墙网

(16)2012年12月,Ewan P. Plant , Amy C. Sims, Ralph S. Baric , Jonathan D. Dinman, Deborah R. Taylor等人发表论文《Altering SARS Coronavirus Frameshift Efficiency Affects Genomic and Subgenomic RNA Production》,指出“在以往的研究中,我们观察到了ORF1a/b编码核糖体移码信号突变的冠状病毒在基因组和亚基因组RNA数量上的差异。目前尚不清楚这些差异是否是由于基因组序列、蛋白质序列或移码频率的改变所致。在这里,具有同义密码子变化的病毒可以产生不同比例的基因组和亚基因组RNA。这些发现表明蛋白质序列不是改变基因组和亚基因组RNA产生的主要原因。同义密码子的改变影响移码信号的结构和移码效率。移码效率的微小差异导致基因组RNA产生和TCID50的显著差异,这表明移码频率必须保持在某一阈值以上才能获得最佳的病毒产生。这些数据表明,无论是RNA序列或病毒蛋白的比例所导致的不同水平的移码影响病毒复制。”文章同时表示“突变病毒的构建。寡核苷酸定点突变用于突变SARS亚克隆D[20]。每个突变体亚克隆与其他5个亚克隆组装,然后使用T7RNA聚合酶和GTP-cap类似物生成全长病毒转录本,如前所述[20]。全长基因组RNA被转染到Vero细胞中,产生一种高效的溶解性病毒感染。让病毒在37℃下生长5天。将病毒上清液接种到Vero细胞上,并纯化几个克隆。纯化后的病毒在Vero细胞上生长。RT-PCR检测病毒复制的标志物亚基因组RNA。对移码区的PCR扩增片段进行测序,以验证是否引入了正确的突变。根据Reed和Muench方法计算的TCID50测定法测定病毒滴度[21]。所有病毒检测均在BSL-3安全设施中进行。如前所述,利用SYBR-green技术通过实时定量PCR测定gRNA和sgRNA的丰度[7]。用与gRNA和sgRNA互补的引物检测RNA。尽管与sgRNA互补的引物可以退火到gRNA,但只有最小的sgRNA的5'前导序列和3'序列足够接近,可以在正常循环条件下进行PCR扩增。”这表明了Baric团队对病毒的研究已经深入到一定程度,甚至能通过筛选基因突变的技术改变病毒的生产效率和病毒的生存能力。Fit免费翻墙网

(17)2014年6月,Xufang Deng, Sudhakar Agnihothram, Anna M. Mielech, Daniel B. Nichols, Michael W. Wilson, Sarah E. St. John, Scott D. Larsen, Andrew D. Mesecar, Deborah J. Lenschow, Ralph S. Baric,b Susan C. Baker等人发表论文《A Chimeric Virus-Mouse Model System for Evaluating the Function and Inhibition of Papain-Like Proteases of Emerging Coronaviruses》,指出“为了对抗新出现的冠状病毒,开发安全有效的平台来评估病毒蛋白酶活性和蛋白酶抑制剂的有效性是一个高度优先考虑的问题。在这里,我们利用生物安全2级(BSL-2)嵌合Sindbis病毒系统来评估蛋白酶活性和针对生物安全3级(BSL-3)病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)的木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)抑制剂的疗效。我们设计了Sindbis病毒,以共表达PLpro和一种底物,即小鼠干扰素刺激基因15(ISG15),并发现PLpro介导从细胞蛋白中去除ISG15(去SGylization)。PLpro催化半胱氨酸残基的突变或PLpro抑制剂的加入阻断了病毒感染细胞的脱SGA。因此,脱糖基化是PLpro活性的标志。用这些嵌合病毒感染α/β干扰素受体敲除(IFNAR/)小鼠表明,在病毒感染期间,PLpro脱SGylation活性去除了ISG15介导的保护作用。重要的是,给予PLpro抑制剂保护这些小鼠免受致命感染,证明了冠状病毒蛋白酶抑制剂在小鼠模型中的有效性。然而,这种PLpro抑制剂不足以保护小鼠免受SARS-CoV-MA15致死性感染,这表明需要进一步优化PLpro抑制剂的递送和稳定性。我们扩展了嵌合病毒平台来评估中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的木瓜蛋白酶样蛋白酶/脱SGylating活性,以提供一个小动物模型来评估这种新近出现的病原体的PLpro抑制剂。这个平台有可能普遍适用于其他具有脱SGA活性的病毒和细胞酶。重要性:在小动物模型中评估病毒蛋白酶抑制剂是抗病毒药物开发的关键步骤。我们改进了生物安全2级嵌合病毒系统,以便于评估针对高致病性冠状病毒的抑制剂。我们用这个系统证明了严重急性呼吸综合征冠状病毒的木瓜蛋白酶样蛋白酶抑制剂的体内疗效。此外,我们证明嵌合病毒系统可用于研究新兴人类病原体的蛋白酶,如中东呼吸综合征冠状病毒。该系统提供了一个重要的工具,可以快速评估蛋白酶抑制剂针对现有和新兴人类病原体的疗效,以及其他能够从细胞蛋白中去除ISG15的酶。”有条件要上,没有条件创造条件也要上,这就包括创建新型嵌合病毒以证明自己担忧的合理性。Fit免费翻墙网

(18)2015年6月,Vineet D Menachery1, Boyd L Yount Jr1, Kari Debbink1,2, Sudhakar Agnihothram3, Lisa E Gralinski1, Jessica A Plante1, Rachel L Graham1, Trevor Scobey1, Xing-Yi Ge4, Eric F Donaldson1, Scott H Randell5,6, Antonio Lanzavecchia7, Wayne A Marasco8,9, Zhengli-Li Shi4 & Ralph S Baric等人发表论文《A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence》,指出“严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征(MERS)-CoV的出现突出了跨物种传播事件导致人类暴发的威胁。 在这里,我们研究了SARS样病毒SHC014CoV的疾病潜力,该病毒目前正在中国马蹄形蝙蝠种群中传播。 利用SARS-CoV反向遗传学系统2,我们产生并表征了一种嵌合病毒,该病毒在小鼠适应的SARS-CoV主干中表达蝙蝠冠状病毒SHC014的尖峰。 结果表明,在野生型骨干中编码SHC014尖峰的2b病毒可以有效地利用SARS受体人血管紧张素转换酶II(ACE2)的多个同源物,在原代人气道细胞中有效地复制,并在体外获得相当于SARS-CoV流行菌株的滴度。此外,体内实验显示嵌合病毒在小鼠肺中的复制具有显著的发病机制。 对现有的基于SARS的免疫治疗和预防方式的评估显示效果不佳;单克隆抗体和疫苗方法都未能中和和保护使用新的尖峰蛋白的CoVs感染。 在这些发现的基础上,我们综合地重新衍生了一种传染性全长SHC014重组病毒,并在体外和体内显示出稳健的病毒复制。 我们的工作表明,SARS-CoV从目前在蝙蝠种群中传播的病毒中重新出现的潜在风险。”该论文后被全球媒体广泛炒作,但值得注意的是,这是一篇Baric团队主导的研究,作者中有13位美国科学家和2位中国科学家,中国科学家的主要贡献是实验标本的准备工作。Fit免费翻墙网

(19)2016年11月,Alexandra Schäfer and Ralph S. Baric发表了论文《Epigenetic Landscape during Coronavirus Infection》,指出“调控新出现的冠状病毒发病机制的分子机制是复杂的,包括与进入、复制、退出和先天免疫控制相关的病毒-宿主相互作用。表观遗传学研究调节表型变异的遗传和非遗传因素,通常由外部和环境因素引起,这些因素在不改变潜在基因型的情况下改变宿主的表达模式和表现。表观遗传修饰,如组蛋白修饰、DNA甲基化、染色质重塑和非编码rna,是一种重要的调节因子,能以高度灵活的方式改变宿主染色质的表达模式和网络。在过去25年的大部分时间里,研究主要集中在RNA病毒对抗信号和传感成分的分子机制上,这些信号和传感成分在感染后调节宿主天然免疫和抗病毒防御程序的诱导。最近,越来越多的证据支持这样的假设,即病毒,甚至在细胞质中复制的溶解性RNA病毒,已经发展出复杂的、高度进化的、协调良好的过程,这些过程被设计用来调节宿主表观基因组,控制宿主固有免疫抗病毒防御过程,从而促进强大的病毒防御复制和发病机制。在这篇文章中,我们讨论了用于评估病毒调控宿主表观基因组的机制的策略,特别是以高致病性呼吸道RNA病毒感染为模型。通过将表观基因组重组与RNA和蛋白质组数据集相结合,我们阐明了一种时空数据整合方法,以确定在宿主先天性免疫应答中起关键作用的调控基因组簇和区域,从而确定新出现的冠状病毒感染后的新病毒拮抗机制。”该论文撰写的背景是经过分子生物学多年的发展,人类全基因组图谱已经绘制完成,各个人种的不同基因均可在数据库中进行查询,所以作者认为可以建立一个被病毒感染的人体模型,从而得知人体DNA对病毒产生抗体或者不产生抗体的相关原理和细节,并促进病毒学研究的进一步深入。Fit免费翻墙网

(20)2015年9月,Vineet D. Menacherya , Boyd L. Yount Jr.a , Amy C. Simsa , Kari Debbinka,b, Sudhakar S. Agnihothramc , Lisa E. Gralinskia, Rachel L. Grahama , Trevor Scobeya , Jessica A. Plantea , Scott R. Royala , Jesica Swanstroma , Timothy P. Sheahana, Raymond J. Picklesc,d, Davide Cortie,f,g, Scott H. Randelld , Antonio Lanzavecchiae,f, Wayne A. Marascoh, and Ralph S. Baric发表论文《SARS-like WIV1-CoV poised for human emergence》,认为“人畜共患疾病的爆发对人类疾病和全球经济都构成了威胁。尽管有大量的宏基因组学研究,利用这些数据集来确定未来威胁的方法还不成熟。在这项研究中,我们描述了一种方法,结合现有的宏基因组数据和反向遗传学工程试剂,以评估出现和潜在的致病循环人畜共患病毒。以严重急性呼吸综合征(SARS)样病毒为研究对象,结果表明WIV1冠状病毒(CoV)簇具有直接感染的能力,在人群中的传播有限。然而,体内衰减表明流行病需要额外的适应。重要的是,现有的SARS单克隆抗体在限制病毒感染方面取得了成功,而现有的疫苗方法却没有。” 这篇文章是在美国政府因安全问题停止了SARS研究经费赞助的情况下进行的。该论文是人类首次对WIV1的尖峰蛋白和野生SARS-Cov进行嵌合实验,同时根据RNA序列研究显示,现有的COVID-19病毒具有SARS-Cov和WIV尖峰蛋白的共同特征,是否起源于本次实验或本次实验的后续实验则有待调查。Fit免费翻墙网

(21)2017年6月,Timothy P. Sheahan1,$, Amy C. Sims1,$, Rachel L. Graham1, Vineet D. Menachery1, Lisa E. Gralinski1, James B. Case4, Sarah R. Leist1, Krzysztof Pyrc5, Joy Y. Feng2, Iva Trantcheva2, Roy Bannister2, Yeojin Park2, Darius Babusis2, Michael O. Clarke2, Richard L. Mackman2, Jamie E. Spahn2, Christopher A. Palmiotti2, Dustin Siegel2, Adrian S. Ray2, Tomas Cihlar2, Robert Jordan2, Mark R. Denison3,*, and Ralph S. Baric发表了论文《Broad-spectrum antiviral GS-5734 inhibits both epidemic and zoonotic coronaviruses》,论述了“新出现的病毒感染很难控制,因为异质成员周期性地进出人类和人畜共患病宿主,使特定抗病毒治疗和疫苗的开发复杂化。冠状病毒(coronavirus,cov)具有向新的宿主迅速传播的倾向,可引起严重的疾病。SARS-CoV和MERS-CoV相继出现,在全球免疫系统不健全的人群中引起严重的流行性呼吸道疾病。能够抑制冠状病毒感染的广谱疗法将解决当前未得到满足的医疗需求,在治疗新出现的和地方性冠状病毒感染方面可能是非常宝贵的。在这里,我们显示目前临床上正在开发的用于治疗埃博拉病毒疾病的核苷酸前药GS-5734可以在多种体外系统中抑制SARS-CoV和MERS-CoV的复制,包括具有亚微摩尔IC50值的原代人气道上皮细胞培养。GS-5734对原代人肺细胞中的bat-CoV、前心血管bat-CoV和循环当代人CoV也有效,因此显示出广谱的抗CoV活性。在SARS-CoV发病的小鼠模型中,GS-5734的预防性和早期治疗性给药显著降低了肺病毒载量,改善了疾病的临床症状和呼吸功能。这些数据提供了实质性的证据,表明GS-5734可能被证明对中东地区流行的MERS-CoV有效,可以传播人类CoV,最重要的可能是未来出现的CoV。”值得注意的是,实验者对SARS-CoV- (HKU3, WIV1,SHC014)三种毒株的病毒进行了活体实验,并且GS-5734代号的药物就是吉利德公司生产的Remdesivir(瑞德西韦)。Fit免费翻墙网

(22)2017年10月13日及2018年9月28日,Aravinda M . de Silva , Chapel Hill , NC ( US ) ; A . Ruklanthi de Alwis , Dehiwala ( LK ) ; Wahala M . P . B . Wahala , Carmel , IN ( US ) ; Ralph S . Baric , Haw River , NC ( US ) ; William B . Messer , Portland , OR ( US ) ; James E . Crowe , JR . , Nashville , TN ( US ) ; Scott A . Smith , Nashville , TN ( US ) 申请美国国家专利《CHIMERIC DENGUE VIRUS E GLYCOPROTEINS COMPRISING MUTANT DOMAIN I AND DOMAIN II HINGE REGIONS》(US010117924B2及US 20190255168A1)该专利发明了一种“包含嵌合登革热病毒E糖蛋白的组合物和使用方法,所述嵌合登革热病毒E糖蛋白包含登革热病毒E糖蛋白主链,所述主链包含从不同于登革热的登革热病毒血清型引入登革热病毒E糖蛋白结构域I和结构域II铰链区的氨基酸取代登革热病毒E糖蛋白主干的病毒血清型。”Fit免费翻墙网

(23)2018年12月,Neeltje van Doremalen 1 , Alexandra Schäfer 2 , Vineet D. Menachery 2 , Michael Letko 1, Trenton Bushmaker 1 , Robert J. Fischer 1 , Dania M. Figueroa 1 , Patrick W. Hanley 3, Greg Saturday 3 , Ralph S. Baric 2 and Vincent J. Munster发表论文《SARS-Like Coronavirus WIV1-CoV Does Not Replicate in Egyptian Fruit Bats (Rousettus aegyptiacus)》报告“严重急性呼吸综合征(SARS)样WIV1-coronavirus(CoV),可使用人血管紧张素转换酶2(ACE2)受体。在目前的研究中,我们调查了WIV1冠状病毒感染埃及红蝙蝠的能力。在整个实验过程中没有观察到任何临床症状。此外,在接种后第3天分离的4个口咽拭子和2个呼吸道组织中,病毒RNA呈阳性。12只蝙蝠中有2只在攻击后出现了冠状病毒特异性抗体的适度增加。综上所述,WIV1-CoV不能引起埃及蝙蝠的强烈感染。”所有被测试的蝙蝠来自于马里兰州瑟蒙特的Catoctin野生动物保护区和动物园。Fit免费翻墙网

(24)2019年10月,Vineet D. Menachery,a,b Kenneth H. Dinnon III,b,c Boyd L. Yount, Jr.,b Eileen T. McAnarney,a,b Lisa E. Gralinski,b Andrew Hale,c Rachel L. Graham,b Trevor Scobey,b Simon J. Anthony,d,e Lingshu Wang,f Barney Graham,f Scott H. Randell,g W. Ian Lipkin,d,e Ralph S. Baric发表论文《Trypsin Treatment Unlocks Barrier for Zoonotic Bat Coronavirus Infection》,指出“传统上,冠状病毒(cov)的出现归因于新宿主受体结合的增强。我们先前对严重急性呼吸综合征(SARS)样病毒的研究表明,蝙蝠已经携带了冠状病毒,这种病毒能够不经适应地感染人类。这些结果表明,额外的屏障限制了人畜共患冠状病毒的出现。在这项工作中,我们描述了克服宿主限制的两个中东呼吸综合征(MERS)样蝙蝠冠状病毒使用外源性蛋白酶治疗。我们发现在乌干达蝙蝠身上发现的MERS样病毒pdf2180cov的spike蛋白在外源性胰蛋白酶存在下可以介导Vero和人类细胞的感染。随后我们发现蝙蝠病毒可以介导人类肠道细胞的感染,但不能感染人类肺细胞。利用受体阻断抗体,我们发现感染PDF2180棘突并不需要MERS-CoV受体DPP4,并且针对MERS棘突受体结合域和S2部分开发的抗体在中和PDF2180嵌合体方面无效。最后,我们发现外源性胰蛋白酶的加入也拯救了HKU5-CoV,第二个bat组2c-CoV。总之,这些结果表明,蛋白水解分裂的穗,而不是受体结合,是主要的感染屏障这两个组2c冠状病毒。结合受体结合,蛋白水解激活提供了一个新的参数来评估蝙蝠冠状病毒的出现潜力,并提供了一种方法来恢复以前无法恢复的人畜共患冠状病毒株。”该论文的主要内容是使用人工培育的嵌合病毒对多种实验生物提进行感染,发现病毒可以在某些特定条件下有效入侵人体,BATCoV(WIV1-CoV、WIV16-CoV、SHC014-CoV)也作为参照病毒在实验中被培育出来,至于实验者是否对WIV1-CoV病毒进行了嵌合,论文中没有提及。嵌合的过程是“根据制造商的协议,通过TRIZOL试剂(Invitrogen,CA)和直接唑RNA迷你试剂盒(Zymo Research,CA)分离RNA。 利用先前报道的针对ORF1ab(54)的引物和探针,通过TaqMan快速病毒1步主混合(应用生物系统,CA)对MERS-CoV和MERS-Uganda基因组RNA(GRNA)进行定量,并归一化为宿主18SrRNA(应用生物系统)。 首先用超级脚本III(Invitrogen)反向转录HKU5-CoVRNA,然后用SsoFastEvaGreen超混合(Bio-Rad,CA)进行检测,并缩放到宿主甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)转录水平。 用以下引物扩增HKU5gRNA:正向,5=-CTCTC TCTCGTTC TGCA GAAC-3=;反向,5=-GTTGA GCTC TGCT CTCT CTACTT GCC-3=。 用以下引物扩增GAPD HRNA:正向,5=-AGCCACATCGCTGA GACA-3=;反向,5=-GCCAAATA CGAATCC-3。 用阈值周期(ΔΔCT)法计算折叠变化,并将其缩放到感染后0小时存在的RNA。”该论文投稿于2019年10月16日,按照文章的工作量,推测其研究工作大概在4月就已经展开。此外,论文中的表述内容与之前其它论文的语法一样,站在病毒的立场,让读者略感不适,如:“人畜共患病冠状病毒出现的障碍。 受体结合和蛋白酶激活是控制人畜共患病冠状病毒出现的关键相关因素。 (A)缺乏与人畜共患病的COVs的受体结合,可以阻止新宿主细胞的感染。 尽管受体结合,但缺乏兼容的宿主蛋白酶来切割穗限制了新宿主的感染。 外源蛋白酶的加入克服了宿主蛋白酶的障碍,可能需要也可能不需要受体结合。”Fit免费翻墙网

(25)2019年年末,中国科学家正式检测到新型冠状病毒(COVID-19或SARS-Cov-2)的爆发。Fit免费翻墙网

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3.3 本章小结

Baric教授及其团队近40年以来致力于冠状病毒的研究工作,拥有众多的研究成果及知识产权,其发明的多种病毒嵌合改造方法既可以用于研发新型病毒,也可以用于以实验为目的的人工病毒制备工作。以编号为US007618802B2及编号为WO 2005/035712 A2的专利为例,均有美国马里兰州德特里克堡的人员被列为共同发明人,这种做法更有利于隐蔽式的分享专利,使德特里克堡实验室的工作人员在今后的病毒制备中不必再为此支付专利费用。Fit免费翻墙网

2014年10月,奥巴马政府认为Baric实验室使用SARS、MERS和流感等病毒进行功能获得性(Gainof function)改造的研究,对公共健康构成的潜在威胁,通过白宫科技政策办公室联合美国卫生与公众服务部发布禁令,宣布中止对类似研究的资金资助,并要求相关领域的研究人员立即停止相关的研究,直到研究项目的风险和收益被美国国家生物安全科学顾问委员会(NSABB)和美国国家学院国家科学研究委员会(NRC)的专家进行评估后方可继续。此后再发表论文时,Baric教授团队明显更加谨慎了,但该团队仅仅不再接受这项支助,研究项目及病毒嵌合的工作却没有因为奥巴马政府的命令而停止。Fit免费翻墙网

综上,嵌合病毒的方法发明自Baric教授,其团队拥有人类科学家中最权威的解释权和最强的嵌合病毒能力,因部分专利属于世界专利,如果各国科学家在病毒研究过程中产生了此项需求,需要向该团队进行申请并缴纳专利授权使用费。但无论从科学研究安全性还是从科研伦理学角度来看,研发嵌合病毒以及在此基础上进行病毒感染研究都是应该反对和抵制的。同时,嵌合病毒是一个较为复杂的过程,该过程中所使用的专业技术、专业软件均为该团队特有。此外,对嵌合技术有帮助的辅助软件、基因比对设备、大数据平台也均为美国特有,任何人使用都需要授权并留有使用痕迹。因此,世界上如果有未经美国授权的嵌合技术病毒产物,其嵌合过程一定发生在美国,这包括Baric教授的实验室或者与其有相同专利使用权限并有其毕业学生工作的德特里克堡(Fort Detrick)实验室。Fit免费翻墙网

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第4章 关系分析

 

生物与化学科技是美国当代快速发展的基础之一,第二次世界大战以后,美国国内政治经济环境稳定,这为美国吸纳了大量的技术人才。在充分吸收并融合欧洲国家生物科技成果、前苏联生物科技成果、日本(原)731部队实验结果的基础上,美国的生物科学研究得到了长足的发展。Fit免费翻墙网

美国生物科技的发展是科学从业者辛勤劳动的结果,同时也是资本和政策共同助推的成果,从发展思路而言,美国生物科技在核心技术严格保留在本土的基础上,面向全球的开放合作也是其特点之一。所以目前美国生物科技发展的局面是:政策推动资本、资本投资企业、企业联合高校进行生物技术研发。研发实验及核心过程在美国本土实验室进行,相关产品被开发生产以后,会通过企业与政府(或军队)合作的形式投送至驻扎在各国的海外军事基地,这些基地兼顾军事职能和新药(或为验证新药而制造的病毒)的辅助实验职能,驻军周边的居民可能在告知或者未被告知的情况下参与相关实验。当内部实验和外部实验均已完成并达到设计目标以后,相关产品才会被定型。而如果在实验期间发生了没有被预料到的问题时,该产品往往会返回给实验室做重新评估和改进。Fit免费翻墙网

Baric教授从业近40年,与美国生物科技发展进程同步,他撰写了数百篇论文和书籍,本文着重分析了其团队研究的论文研究成果及专利研究成果,包括各个科研课题中主要研究人员所在的单位,以及专利的共同权利人。同时的,本文并未局限于使用文献法进行论文的关系分析,还通过调查法对社会新闻、股票市场交易、城市经济结构等方面资料进行了充分的研究。Fit免费翻墙网

经过不预设任何立场和观点的调查,本文作者绘制了主要关系节点的关系图谱,在此对图谱进行解释说明(如图4.1所示)。Fit免费翻墙网

关系图说明:Fit免费翻墙网

(1)Baric教授所申请的,与病毒RNA改造及嵌合病毒开发的专利,与德特里克堡工作人员之间是共同发明人的关系,美国军方可以在不取得授权的情况下使用这项专利技术对病毒进行改造和研发;Fit免费翻墙网

(2)Baric教授的高级研究生毕业后,有多人在美国军队研究所工作,美国各个军队研究部门也为多项Baric教授的研究提供了支助,因此鉴定双方是密切的合作关系;Fit免费翻墙网

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图4.1 各方研究机构的社会关系图Fit免费翻墙网

(3)Baric与Adrian S. Ray、Richard L. Mackman等人合作,多年来持续鉴定GS-5734药品对各个病毒的治疗效果,同时Gilead Sciences公司对Baric提供了持续多年、跨越多课题的赞助经费;Fit免费翻墙网

(4)Baric在Barney S. Graham的介绍下,为Mrna-1273疫苗鉴定疗效;Fit免费翻墙网

(5)美国政府公布的解密文件显示,美军驻海外基地配合了美国多种药物试验工作、样本采集工作、病毒搜集工作;Fit免费翻墙网

(6)股票交易数据显示,BlackRock黑石投资公司对Gilead Sciences吉利德、Pfizer辉瑞公司均有投资,三家公司的实际控制人均为美国创新办公室的联系人;Fit免费翻墙网

(7)Office of American Innovation(美国创新办公室)的宗旨是“就改善政府运作和服务、提高美国人现在和将来的生活质量以及刺激创造就业机会的政策和计划向总统提出建议。该办公室由Jared Kushner(特朗普的女婿贾里德·库什纳)领导,他是特朗普总统的高级顾问;Fit免费翻墙网

(8)Steve Bannon(班农)是特朗普的特殊顾问,其办公室在Jared Kushner的隔壁,二者既是同事也是挚友;Fit免费翻墙网

(9)Anthony S. Fauci(福奇)是特朗普的国家卫生顾问,他是Barney S. Graham的直接领导,也是美国国家过敏和传染病研究所(NIAID)的主任;Fit免费翻墙网

(10)特朗普通过Barbara R. Holcomb(女)少将领导美军传染病医学研究所(USAMRIID),Sina Bavari是该所高级研究人员,也是Baric的多篇论文高级合作作者;Fit免费翻墙网

(11)美国德特里克堡生物武器研究所坐落于美国马里兰州,马里兰州是美国贫困人口比例最少的州,也是富裕人口比例最大的州,该州以生物科技为支柱拥有400多家生物科技及其配套企业。该州的另一个主要经济来源是淡水渔业养殖和远洋渔业捕捞,马里兰州的居民作为远洋渔船作业者,可以在船上直接将捕捞的鱼类包装速冻,并在公海交易出口。马里兰州的渔业企业出口对象包括加拿大、中国、印度、墨西哥、欧洲等地。Fit免费翻墙网

本章小结,本章节中展示的多方面关系人物之关联信息在关系图表中展示以后,可以清晰的发现,美国第45任总统特朗普(Donald John Trump)在新冠病毒(COVID-19)爆发时,对美国的微生物研究、病毒研究、药品研究有着充分的控制能力,同时也有多方面的顺畅渠道可用于了解病毒的危害。本文在新冠病毒的全球爆发原因的问题上保持客观、科学、严谨的立场,不会预设结论,但当此关系图表建立以后,无疑会令包括本文作者在内的所有社会公众对特朗普任职期间号召全民不戴口罩、保持密集聚会的行为及其初衷产生质疑。Fit免费翻墙网

第5章 安全风险

科学研究伴随着风险,其风险可能来自于多种方面,例如实验失败所需承担的经济风险、实验室事故所需承担的安全风险、实验结果发布后所需承担的社会风险、实验过程所需承担的政策风险等。因此,无论是生物科学行业的科学研究还是计算机行业的科学研究,都要严格遵从相应的行业规则、伦理道德,一次实验的成功不能标志着此后的实验永远都会成功,一旦实验者没有按照相关规范进行实验,其后续面临的灾难很可能是毁灭性的,同时也是实验者本人无法承担的。Fit免费翻墙网

在对Baric所做的日常科学研究成果进行学习的过程中,我们发现其实验室存在有诸多安全风险,在此分节予以公布并公开提出建议。Fit免费翻墙网

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5.1 违背政府要求进行研究

依据2014年10月17日,奥巴马政府决策并由美国卫生与公共服务部下发的关于《美国政府对流感、MERS和SARS病毒的部分功能研究的审议过程和研究经费暂停》(U.S. Government Gain-of-Function Deliberative Process and Research Funding Pause on Selected Gain-of-Function Research Involving Influenza, MERS, and SARS Viruses)的通知,Baric教授团队正在进行的实验属于18项危险实验的范围。Fit免费翻墙网

美国卫生与公共服务对于GOF的实验性质的定义是,“功能增益(Gain-of-Function)”是指赋予新的或增强的活性的生物制剂的任何修饰。通常,研究人员变异或改变基因,并检查这些修饰对生物体的特定属性或特征的影响。例如,一些研究人员可以通过增强致病性和/或传播性的方式修改流感病毒,以便在分子水平上更好地了解这些性状的起源和性质,以及它们在易感宿主中的发病机制。由于流感病毒在自然界中不断进化,这些功能增益研究可能有助于预测这些病毒是否可以随着时间的推移自然进化以获得这些新的或增强的特征,如果是的话,病毒可能如何影响宿主和可能最有效的医疗对策。一些功能增益研究可能涉及生物安全和生物安保风险,需要独特的风险评估和缓解措施。Fit免费翻墙网

按照这一定义,结合本文第三章所述之Baric教授团队所研究的内容,可知其研究属于停止资助的范畴之内,这项资金暂停措施是为了暂停该方向上的科研活动,而Baric对此并没有顾忌,也没有停止其研究活动,而是继续进行嵌合实验,并发表了多篇论文。Fit免费翻墙网

另外依据美国广播公司的新闻报导,该类实验在这次整顿中已经被明令禁止(https://www.npr.org/sections/health-shots/2014/11/07/361219361/how-a-tilt-toward-safety-stopped-a-scientists-virus-research/),本文作者在检索内容的过程中却没有发现白宫命令的原文,有一些新闻还有明显被删除的迹象。如果事实确实如新闻所述,则Baric的研究行为已经触犯了法律。Fit免费翻墙网

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5.2 不遵守生物实验规范

微生物实验,尤其是病毒研究实验是极为危险的实验过程,在对Baric团队的研究成果进行学习的过程中,本文作者发现该团队没有严格执行实验安全规则,在一张广为流传的照片中,Baric教授的办公室杂乱不堪,其实验所用的试剂盒随意摆放在办公桌上,标记为红色生物污染物的实验用品直接暴露在空气中,化学试剂随意敞口放置,在办公地板上甚至还堆有快递,这些行为显然全部都违反了生物实验室的安全规范。Fit免费翻墙网

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图5.1 Baric教授的办公环境Fit免费翻墙网

在本文撰写的时间段,SARS-Cov-2(COVID-19)病毒的基本属性已经尽人皆知,这种冠状病毒的传播能力极强,既可以依靠接触传播,还可以依靠飞沫传播,甚至可以依靠气溶胶传播。Fit免费翻墙网

然而在病毒大规模爆发以前,没有人对病毒的这一传播性进行评估,如果Baric团队在这种环境下,通过病毒嵌合的实验主动或者无意生成了病毒母版,则实验室人员被感染将是大概率事件。实验室人员在下班以后再行将病毒传播给家人和路人则是可以合理推断的结果。Fit免费翻墙网

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5.3 向不可控的第三方分享科学成果

科学研究人员及科学团队应该有自己的职业操守,不但不应向恐怖势力提供科研科研成果,而且也不能将危险的技术提供给军队和暴力机器,因为这种行为是不人道的,也违背了联合国与禁止生物武器和化学武器研发相关的国际精神及国际共识。Fit免费翻墙网

Baric教授团队不但长期接受美国军方支助,为美国德特里克堡军事生物武器研究基地提供研究服务,甚至还将自身实验室所研发的专利技术共享给美国军方,这种行为将导致科学界的最新科研成果被输送给战争机器,而战争机器可以通过在其过程中获得的技术和人员进行生物武器研究,进而导致人道主义危机。在明确知晓美军长期以来都拥有生物武器研发计划的情况下,Baric教授不但没有严守科学伦理道德,还将本应用于造福人类的病毒嵌合方法提供给美国军方生物武器实验室,这是科学界的可耻行为。Fit免费翻墙网

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5.4 安全风险连带事件

基于本章前文所述的安全风险,结合SARS-Cov-2型病毒的基本特征,可以合理的推断其后续影响和连带事件的发生,因为以下可以推断到的情况都是Baric团队在事先无法预料到的。按照时间顺序,其无法防范的安全风险Fit免费翻墙网

(1)Baric团队主观意愿希望尝试HIV疫苗对SARS-Cov的防疫作用,而将两种病毒沾染,意外的在其实验室环境中发生嵌合(2015年《3B11-N, a monoclonal antibody against MERS-CoV, reduces lung pathology in rhesus monkeys following intratracheal inoculation of MERS-CoV Jordan-n3/2012》中,作者将HIV疫苗用于实验,测试疫苗对MERS-COV类嵌合病毒的防护作用)。嵌合后的病毒超越了实验人员的认知,率先感染了实验室操作员,操作员在未发病的情况下离开实验室,将病毒传染给实验室外的人员;Fit免费翻墙网

(2)未经系统培训的美国德特里克堡科研人员在尝试Baric嵌合病毒专利方法的过程中,进行HIV与SARS-Cov类型冠状病毒的RNA嵌合实验,嵌合后的病毒的传播性超越了实验人员的认知,率先感染了实验室操作员,操作员在未发病的情况下离开实验室,将病毒传染给实验室外的人员;Fit免费翻墙网

(3)德特里克堡实验室研究人员在尝试Baric嵌合病毒专利方法的过程中,进行HIV与SARS-Cov类型冠状病毒的RNA嵌合实验,实验异常成功,研究人员用实验室的清水清洗了实验器皿,病毒进入废水处理系统,恰巧废水处理系统出现故障,病毒在水中逃逸,并传播给附近居民;Fit免费翻墙网

现实事件A:2019年7月12日,美国广播公司报道,弗吉尼亚州一个退休人员社区“绿色春天”(Greenspring)爆发致命呼吸系统疾病,54人出现发烧、咳嗽和浑身无力等症状,2人死亡。Fit免费翻墙网

现实事件B:2019年7月美国CDC向美国陆军传染病医学研究所德特里克堡实验室发出停止和终止函,原因是废水处理系统故障导致了泄漏事故。此时正进行持续多年的针对四种致命病毒基于抗体疗法的研究。这个计划只是USAMRIID科学家们正在进行的众多项目中的一个。Fit免费翻墙网

(4)社区传播的出现使越来越多的马里兰州居民感染病毒,普通医院的医生开始接触到病例,有专科医学从业人员认为这是一种常见的冠状病毒流感(如HCoV-HKU1病毒)可是按照经验,HCoV-HKU1很罕见会造成剧烈的肺部感染,于是将原因归于患者吸电子烟,将肺炎称为“电子烟肺炎”。而此时能够界定该显微镜下的冠状病毒是SARS-Cov病毒还是HCoV-HKU1病毒的部门都是泄露者的相关方(参见图4.1);Fit免费翻墙网

现事事件C:2019年7月至8月,部分美国军人运动员在马里兰州训练,这些人将于2019年10月18日至27日参加在中国武汉举行的第七届世界军人运动会。Fit免费翻墙网

现实事件D:权威医学专家Aleksandr Kalininskiy等人发布论文《E-cigarette, or vaping, product use associated lung injury (EVALI): case series and diagnostic approach》确定了电子烟肺炎和感冒的确诊流程,此后各医院按照此流程执行。然而该流程中缺乏对病毒的RNA检测过程,新冠病毒患者在这一流程中将被确诊为电子烟肺炎。Fit免费翻墙网

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图5.2 美国医院执行的电子烟肺炎确诊流程Fit免费翻墙网

(5)科学家在评估病毒泄露后的影响时,发现没有可以借鉴的模型,于是着急世界各国更多科学家评估影响并研究对策。军事机构认为科学家的想法杞人忧天,虽然勉强同意了会议,但是不同意公布泄露的具体细节,从而会议只以沙盘推演的方式进行;Fit免费翻墙网

现实事件E:2019年10月18日,美国多机构组织了代号为“Event 201”的全球流行病演习。演练中的模型假设一种名为CAPS的冠状病毒,比SARS致命,又如感冒轻易传播,却未开发出疫苗,能迅速传播促成全球大流行,演习中有军事人员和中央情报局高级官员参加,也邀请了有疫情防控经验的国家参加。Fit免费翻墙网

(6)马里兰州的疫情进一步扩散,而人员流动和国际交流始终都没有停止,病毒在马里兰持续传播的同时,还被带至美国各州和世界各地。而新冠病毒有2-14天的潜伏期,潜伏期过后发病,按照人种不同,ACE2蛋白在肺部表达的比例也不同,从而导致各人种重症率在5%-16%之间,死亡率介于0.1%-2%之间。所以在没有明确确认病毒为SARS-Cov-2的时间里,所有患者都会按照重感冒的治疗方案治疗,发展为肺炎的患者被确诊为“电子烟肺炎”。Fit免费翻墙网

现实事件F:2019年10月18日至27日世界军人运动会在武汉召开。Fit免费翻墙网

现实事件G:美国医学专家认为“电子烟肺炎”具有传染性。Fit免费翻墙网

现事事件H:2019年12月27日,中国湖北省中西医结合医院张继先把连续接诊数位不明肺炎病人情况向医院汇报,医院立即上报给江汉区疾控中心。2019年12月30日晚,中国国家卫健委获悉武汉出现“不明原因肺炎”信息,病毒的病理分析和测序工作随之展开。2020年1月9日,中国认定新冠病毒是造成不明原因肺炎的主要病原体。并向世卫组织通报,也向国际社会相关国家进行分享。2020年1月11日,中国将病毒基因序列向世卫组织分享,同时把基因序列上传到全球流感数据库,世界各国可按照此序列生产诊断试剂。Fit免费翻墙网

现实事件I:2020年3月意大利媒体报道:疫情2019年11月或已在意大利流行。另外,意大利研究人员表示,2019年最后一个季度伦巴第大区的严重肺炎和流感病例数比平时更高。这可能表明新冠病毒在意大利早于中国传播。Fit免费翻墙网

现事事件J:2020年5月7日法国 Albert Schweitzer医院发表新闻公报,该院对2019年11月1日至4月1日的2456张CT影像进行了回顾性研究,发现2019年11月16日的一个病例属于新冠肺炎。Fit免费翻墙网

现实事件K:美国新泽西州贝尔维尔市长迈克尔·梅勒姆表示,自己于2019年11月21日,就被感染了新冠肺炎。Fit免费翻墙网

现实事件L:在全球各国政府开始重视疫情防疫工作以后,有多次新闻媒体报道,新冠病毒由冷冻海产品输入。Fit免费翻墙网

(7)在得到中国科学家通知和世界卫生组织通报以后,美国特朗普政府始终保持消极的防疫态度,既不控制人员流动,也不推动全民检测,放任病毒在人群中肆意传播,最终将美国民众拖入瘟疫大流行的灾难中。Fit免费翻墙网

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5.5 本章小结

科学的态度是科学发展的基础,科学态度既包括细致严谨的科学假设和科学求证过程,也包括科学的工作生活态度,对于一项科学研究应该尽可能的考虑全面,一味贪图急功近利的做法可能会给研究工作带来灾难性的后果。在生物学和微生物领域的研究尤为如此,稍有不慎就将给人类社会带来灾难性影响。从当前的国际疫情发展形势观察,新冠病毒很可能将伴随人类相当漫长的一段时期,谨希望Baric团队及在德特里克堡工作的相关团队,能够恪守科学研究的底线,严格防范安全风险,不要再产生新的不可控泄露事件。Fit免费翻墙网

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第6章 结论与思考

 

本文以科学严谨的态度,不预设立场的进行了新冠病毒的溯源分析工作。作者首先从病毒的自然变异及自然产生原因开始,设定RNA病毒模型,并在此模型基础上进行了概率的计算,从而得出了新冠病毒自然起源概率接近于0%,人工嵌合病毒概率大于99.9%的结论。Fit免费翻墙网

在此结论的基础上,本文作者进一步的对美国分子生物学前沿领域和微生物学中病毒学的前沿领域进行了学习,以Ralph S. Baric教授的科研成果为入手点,下载并阅读了该教授从1983年至今近40年的400余篇论文研究成果,得出了美国存在病毒嵌合能力,其余国家不存在病毒嵌合能力的结论。Fit免费翻墙网

进一步的,本文通过对Baric教授论文的分析及对可靠新闻线索的搜集,完成了各方背景及社会关系的调查工作,并在这一工作中发现了第45任美国总统特朗普(Donald John Trump)的多方关系图谱,在这一图谱的指引下,本文作者对特朗普总统消极防疫、组织聚集、阻挠检测、号召不戴口罩的行为初衷和目的进行了合理怀疑。Fit免费翻墙网

再进一步的,本文通过对多方材料的整理和观察,发现了Baric教授团队存在的部分违规行为,并对这些违规行为可能带来的风险进行了预判和评估。为了说明这些风险存在的实际可能性,本文还将现实事件导入到风险事件当中,进一步的旁证了本文结论的正确性。Fit免费翻墙网

科学是一把双刃剑,当我们作为科学家挥舞起这把剑时,我们的心中一定要清楚,我们即可能给人类带来幸福,也可能给人类带来灾难。Baric教授是我崇拜的科学家之一,他把毕生的精力倾注于病毒科学的研究当中,其初衷很可能是为人类未来可能遭遇到的疾病提供解决方案,但因为求功心切或者被军方随意窃用了劳动成果,最终将灾难引至世界各地。这是何其悲哀的一件事情,一世英名毁于一旦,希望各行业的科学家都能引以为戒,认真严格的执行科学实验规范,恪守道德底线,以一颗无比敬畏的心对待工作当中的每一个细节。Fit免费翻墙网

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附录

附录A,美国Baric教授所发表的,受到德特里克堡生物武器实验室支助、受到美国军方其它部门支助的论文和研究项目,参见:https://yunpan.360.cn/surl_yStpFeWgh7i (提取码:38ce)Fit免费翻墙网

附录B,参考文献目录,参见:https://yunpan.360.cn/surl_yStpbyIfdTh (提取码:6445)Fit免费翻墙网

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参考文献

参见:https://yunpan.360.cn/surl_yStRsCGQvbL (提取码:f5e9)Fit免费翻墙网

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致谢

感谢我的祖国,让我们生活在一篇净土!Fit免费翻墙网

感谢为防疫工作奉献了一切的每一位同胞!Fit免费翻墙网

相信坚持正确的领导,我们国家的明天一定会更美好!Fit免费翻墙网

网友评论:平民王小石:博主深入挖掘,并拿出几个月时间写出专业论文来论述新冠病毒起源于美国实验室属于大概率事件,难能可贵,贡献很大![赞][赞][赞]这场新冠溯源舆论战我们输不起,大家一同来抽丝剥茧据理力争![作揖][作揖][作揖]
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